学校现有3个国家临床重点专科——骨外科学、神经外科学和普通外科学,3个国家中医药管理局重点学科——蒙医学、蒙药学、伤寒学,1个国家中医药管理局重点专科——蒙医脾胃病学;有病理学与病理生理学、眼科学、影像医学与核医学、外科学(普外、骨外)和民族医学(蒙医学)5个自治区重点学科,人体解剖与组织胚胎学、内科学(血液病)2个自治区重点培育学科;自治区临床医学领先学科7个,自治区临床医学重点学科7个。
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