九五期间，学校投入工程重点学科建设经费6500万元，普遍改善了学校的教学和科研条件，为学校集中力量进行重点研究领域的建设打下了良好的基础。在建设期间共获得国家级奖励13项、省部级奖励221项，包括由学校独立完成的国家技术发明一等奖和国家科技进步一等奖各1 项。
十五期间，学校在总结经验的基础上，将学科建设作为工程建设的主要内容，通过加大投入力度、精选建设项目等措施，寻求重点突破，投入学科建设经费14000万元。本期工程项目的建设进一步提高了学校优势学科的水平，其中部分学科进入了国内高校同类学科的先进行列。在十一五重点学科评审中，学校在保住原有的5个国家级重点学科的基础上，新增了4个重点学科，使我校国家级重点学科的分布面达到6个一级学科，取得了重大进展。
| 南京理工大学十一五国家重点学科 | |
| 一级学科国家重点学科 | |
| ★兵器科学与技术 （含武器系统与运用工程，兵器发射理论与技术，火炮、自动武器与弹药工程，军事化学与烟火技术4个二级学科） | |
| ★光学工程 | |
| 二级学科国家重点学科 | |
| ★材料学 | ★电磁场与微波技术 |
| ★应用化学 | ★模式识别与智能系统 |
| 南京理工大学十一五江苏省重点学科 | |
| 光学工程 | 机械电子工程 |
| 纳米材料及相关技术 | 通信与信息系统 |
| 计算机应用技术 | 工程热物理 |
| 控制理论与控制工程 |
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