学校现有2个一级学科国家重点学科、4个二级学科国家重点学科(国家重点学科覆盖的二级学科达9个)，26个省部级重点学科；9个国家级特色专业，30个江苏省品牌特色专业（含建设点），4个国防重点建设专业，4个国防特色紧缺专业。
南京理工大学“十一五”国家重点学科
一级学科国家重点学科
★兵器科学与技术（含武器系统与运用工程，兵器发射理论与技术，火炮、自动武器与弹药工程，军事化学与烟火技术4个二级学科）
★光学工程
二级学科国家重点学科
★材料学
★电磁场与微波技术
★应用化学
★模式识别与智能系统
南京理工大学“十一五”江苏省重点学科
光学工程 机械电子工程
纳米材料及相关技术 通信与信息系统
计算机应用技术 工程热物理
控制理论与控制工程
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