学校设置有13个专业学院：教育学院、外国语学院、资源环境学院、理学院、美术学院、音乐学院、商学院、政法学院、马克思主义学院、体育学院、信息技术工程学院、文学院、成人教育（高等职业技术）学院。在47个本科专业中，美术学专业是国家级特色专业；环境化学、人文地理学是省级重点建设学科；美术学、地理科学、艺术设计专业是云南省高等学校特色专业；泰语专业是云南省小语种重点建设专业；湄公河次区域民族民间文化传习实验中心是云南省高等学校本科实验教学示范中心，2011年该实验中心被中国艺术人类学学会授予中国艺术人类学学会第一个非物质文化遗产传承与保护工作站称号；环境化学、开放源代码两个实验室为省级重点建设实验室。《中国古代文学史》、《无机化学》、《工笔重彩画》、《篮球》等课程为省级精品课程，应用型法律人才培养模式创新实验区被评为省级人才培养模式创新实验区。学校建设有3个校级研究所：民族文化与社会发展研究所、玉溪经济社会发展研究中心、玉溪师院大学生美育与素质拓展研究中心，其中民族文化与社会发展研究所与北京大学汉语语言学研究中心联合建设的语音乐律实验室已建成并投入使用。
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