山东医学高等专科学校设有医学系、护理系、口腔医学系、医学检验系、眼视光学系、医学影像学系、药学系、康复医学系、卫生管理系等13个教学系部，开设临床医学、临床医学（妇幼保健方向）、临床医学（眼视光方向）、临床医学（康复治疗方向）、临床医学（超声诊断方向）、临床医学（影像诊断方向）、临床医学（全科医学方向）、临床医学（医院信息管理方向）、临床医学（健康管理方向）、口腔医学、护理、护理（英语护理方向）、护理（日语护理方向）、护理（康复护理方向）、护理（重症监护方向）、助产、医学检验技术、医学检验技术（病理检验方向）、药学、药学（英语药学方向）、中药、医学影像技术、医学影像技术（放射治疗方向）、康复治疗技术、卫生检验与检疫技术、卫生信息管理、药品经营与管理、医用电子仪器与维护、医疗保险实务、康复工程技术、临床工程技术、医学影像设备管理与维护、眼视光技术、口腔医学技术、药物制剂技术等35个专业和专业方向。2013年开放教育部、卫生部批准的卓越医生培养计划3+2项目全科医学专业。
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